最近，在文献中看到这样一个令人惊艳不已的组合图，如下。很明显，这个图至少是由8个小图表组合而成的，通过坐标轴粗细和图表间隔的不一致可以看出来。可见，熟练使用Ai(Adobeillustrator)也是成为科研巨佬的必备技能。(ThePlantCell,)除去两侧的聚类树和条形图，组合图的中间部分其实是一种比较新颖的山峦图，也称作山脊线图(Ridgelineplots)，可以用作图软件一次性画出来。山峦图本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合，当然，你也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图。山峦图的用法与小提琴图、箱形图相似，主要用于展示和比较数据（比如基因的表达量、物种的丰度等）的分布情况，而外形上却具有中国山水画的美感。可以说，能用箱形图、小提琴图展示的数据都以试试山峦图，可能会得到出乎预料的效果。那么，如何绘制这样的山峦图呢？这里推荐使用基于ggplot2的ggridges包。●一、R包安装与数据导入●山峦图的绘制主要用到ggridges包的geom_density_ridges函数，无需统计分析，可直接使用原始数据绘制密度曲线。
#安装ggridges包；#install.packages("ggridges")#载入ggridges和ggplot2包；library(ggridges)library(ggplot2)#读入本地数据；dt-read.csv("test.csv",header=T,row.names=1)#查看数据的前12行；head(dt,12)●二、绘制无分组山峦图●
#建立单样本的映射关系；p1-ggplot(dt,aes(x=expression,y=cluster,color=cluster,fill=cluster))p1
#添加“山峦”图层，查看初始绘图效果；#scale参数设置绘图区域重叠部分的大小，scale=1时刚好没有重叠（以最高的为准），数值越大，重叠部分越多；#alpha设置填充颜色的透明度；p2-p1+geom_density_ridges(scale=1.6,alpha=0.3)p2
#去掉密度曲线两侧的“尾巴”；p3-p1+geom_density_ridges(scale=1.6,alpha=0.5,rel_min_height=0.01)p3参数rel_min_height用于设置曲线的最小高度（相对于对应曲线最大高度的百分比）。一般来说，rel_min_height=0.01或更大时可去掉密度曲线两侧的“尾巴”。
#添加分位线(中位线)；#线的样式可选solid、dashed、dotted、dotdash、longdash、twodash等。也可指定单一颜色，如vline_color="black"；p3-p1+geom_density_ridges(scale=1.6,alpha=0.4,rel_min_height=0.01,quantile_lines=TRUE,quantiles=0.5,vline_size=0.3,vline_linetype="dashed")p3
#调整坐标轴，修改标题，去掉空余区域；#coord_cartesian(clip="off")可避免图形边缘被绘图区剪切；p4-p3+scale_y_discrete(name="")+scale_x_continuous(name="Expressionlevels")+coord_cartesian(expand=FALSE,clip="off")p4
#自定义颜色,并隐藏图例；mycolor-c("#c1","#00a99e","#6bc72b","#ff5a20","#ff","#")p5-p4+scale_fill_manual(values=rev(mycolor),guide="none")+scale_color_manual(values=rev(mycolor),guide="none")p5#p5+theme_ridges(grid=FALSE)
#自定义图形主题；#去掉panel.background填充颜色；#去掉纵轴的刻度、横轴的网格线；#设置坐标轴线、网格线的颜色、粗细；#Line/bordersize的单位是mm，textsize的单位是pts；#设置绘图区边距，顺序为top,right,bottom,left；mytheme-theme(panel.background=element_rect(fill=NA),plot.margin=margin(t=10,r=10,b=5,l=5,unit="mm"),axis.ticks.y=element_blank(),axis.ticks.x=element_line(colour="grey40",size=0.5),axis.line.x=element_line(colour="grey40",size=0.5),axis.text.x=element_text(size=10),axis.title.x=element_text(size=12),panel.grid.major.y=element_line(colour=rev(mycolor),size=0.5),panel.grid.major.x=element_blank())#应用自定义主题；p5+mytheme当然，也可以令coord_cartesian(expand=TRUE,clip="off")，通过panel.grid.major.y=element_line(colour=NA,size=0.5)隐藏主刻度线，效果如下。●三、绘制分组山峦图●
#建立分组映射并绘制山峦图；p6-ggplot(dt,aes(x=expression,y=cluster,color=sex,fill=sex))+geom_density_ridges(scale=1.6,alpha=0.4,rel_min_height=0.01,quantile_lines=TRUE,quantiles=0.5,vline_size=0.3,vline_linetype="dashed")p6
#自定义图形主题，图形的个性化调整同上，这里不再赘述；mytheme1-theme(panel.background=element_rect(fill=NA),plot.margin=margin(t=10,r=10,b=5,l=5,unit="mm"),axis.ticks.y=element_blank(),axis.ticks.x=element_line(colour="grey40",size=0.5),axis.line.x=element_line(colour="grey40",size=0.5),axis.text.x=element_text(size=10),axis.title.x=element_text(size=12),panel.grid.major.y=element_line(colour=NA,size=0.5),panel.grid.major.x=element_blank())#自定义颜色和图例；mycolor1-c("#00a99e","#6bc72b")p7-p6+scale_y_discrete(name="")+scale_x_continuous(name="Expressionlevels")+coord_cartesian(expand=FALSE,clip="off")+scale_fill_manual(values=mycolor1)+scale_color_manual(values=mycolor1)+guides(fill=guide_legend(override.aes=list(fill=mycolor1,color=NA)))p7+mytheme1这样，分组山峦图的绘制就完成了。除此之外，ggridges包还有很多更复杂的绘图的功能，比如通过使用jittered_points=TRUE，point_shape="
"参数可以添加密度线，如下图，图形颜色还可以使用渐变色或者按照分位线着色等。本次分享就先到这里啦，更多复杂的绘图功能欢迎查看官方的使用教程。链接：
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