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用途
为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。
预备知识
溶剂模型
通常研究的有机生物体系是在溶液（尤其是水溶液）中进行的，水对蛋白折叠、热力学性质有着极为重要的影响。为了反映溶剂化效应，一般要在分子动力学模拟中采用溶剂模型。溶剂模型可分为两类：显式溶剂模型（explicitsolventmodel）和隐式溶剂模型（implicitsolventmodel）。
显式溶剂模型该模型直接将研究体系放在水盒子中，通常还添加抗衡离子以中和体系电荷。这种直接模拟溶质与溶剂之间相互作用的方法，大大提高了模拟的准确性，但大量水分子也会带来计算量的急剧增加。通常使用一定大小的水盒子把溶质包裹起来，采用周期边界条件（periodicboundarycondition，PBC）来表现无限溶剂环境。
隐式溶剂模型该模型不添加水分子，而用连续介质模型（数学方程）来反映该效应。隐式溶剂模型有许多优势，包括：减少体系粒子数目，降低计算开销；无溶剂摩擦效应，加快构像变化，避免长时间模拟；无需显式水的平衡过程。最著名的模型为广义波恩（GeneralizedBorn，GB）方法。
通常，我们在做常规分子动力学模拟时会采用显式溶剂模型，而在之后的结合自由能计算则采用隐式溶剂模型（MM/GB(PB)SA方法）。
水模型
显式溶剂模型需要在溶质周围填充水分子，至今已经发展出许多水模型，以重现水的不同性质。Amber中可使用的水模型包括：TIP3P、TIP3P/F、TIP4P、TIP4P/Ew、TIP5P、OPC、OPC、POL3、SPC/E、SPC/Eb、TIP3PFB和TIP4PFB。此外，还有有机溶剂非可极化模型，包括：甲醇、氯仿、N-甲基乙酰胺以及尿素-水混合溶剂。
其中，最常用的水模型是TIP3P。该模型已经被证实在许多性质上与真实水存在不少差距。但由于历史原因，过去很多力场都是基于TIP3P水模型建立的，总能量中溶剂部分的误差在一定程度上被抵消了。TIP3P水模至今仍然在生物分子模拟中非常流行。
OPC是一个新的非极化、4点、3电荷刚性水模型，它在许多性质上显著更好于常用的刚性水模型（如TIP3P）。最近对AMBERff99SB的更新，消除了它对TIP3P水模型固有的偏倚，OPC也因此成为与之搭配使用的首推之选。
更多关于水模型的介绍，请见Amber20手册第52-54页。
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